GAEはローカルで作って、デプロイできるので管理上は便利なのですがさっくり動いてくれませんねぇ。
ターゲットは、Affinger+Affingerオススメプラグイン（アフィリエイター・スターターパックでしょうか）を使いWordPressがGAEで動作するか（インストールできるかではありません）確認を行っています。
動きが変なところ
１. 投稿でビジュアル表示されない
原因はわかりませんが、投稿の際にビジュアルモードで表示が全く出てきません。
追記：2015-09-04
dev_appserv.pyで起動したwordpressでもTinyMCEやビジュアルモードが動作していません。
記事作成を全てHTMLで作成することは現実的に受け入れてもらえないでしょう。
２. アイキャッチ画像
自動でアイキャッチを設定してくれるテンプレート使っていますが、表示してくれませんん。
記事投稿時に都度設定するとできますが・・・
３. インストールできないプラグイン
ローカルにディレクトリを作るタイプのプラグインはインストールでエラーが出てしまいます。
追記：2015-09-04
EWWW Image Optimizerプラグインなどのディレクトリを作成する部分は、ロカール環境でディレクトリ作成しておくとプラグイン・インストール時にエラーにはなりませんが、exec()でエラーとなりますのでハンドラー設定の変更が必要だと思います。
4. ドメインを変更ができない(解決)
一般＞設定でURLを設定変更ができません（グレーアウト）、Google App EngineのURLになっちゃいます。
キャッシュが有効なようでしてしばらくするとカスタムドメインに変わりました。
ただし、wp-login.phpへのアクセスは<application-id>.appspot.comからでなければ出来ていません。 handler設定が必要との記事がありますが未確認です。
５. GAEは米国にしか置けない
WordPressの動作ではありませんが、GAE+Google SQLを使う場合は米国に作成しなくてはならないようです。
2015-09-01現在GAEのアプリケーション・インスタンスは米国西にのみ作成可能ですのでアジアパシフィック（台湾）には作ることができないようです。（Cloud SQLをアジアで作成すると「同一リージョンにdatabaseがありません」メッセージが出ます、delpymentを強行するとdatabase errorが出ます）
アジアリージョンに作成したGAE+Load Balancerと比べるとレスポンスがちょっと遅い。
現時点でのWordPress on GAE
引き続き確認は必要ですが、当面はWordPress on GAEを誰でも運用することは少し厳しいと判断せざるおえないように思います。
autoscale GCE +Load Balancerの方が確実に立ちがります、トータルコストで考えると運用管理コストが少し高いと思います。